Przypuszcza się, że główną świątynię miejską zaczęto wznosić na początku XIV wieku na miejscu dawnego kościoła św. Mikołaja. Przez następne dwa wieki kościół był rozbudowywany i upiększany. Na skutek osiadania gruntu kilkakrotnie dochodziło do jego przebudowy. Pod koniec XV wieku połączono wieżę północną i południową w jeden masywny blok wieżowy. Od XVII do XX wieku kościół był wielokrotnie niszczony przez działania wojenne. W 1945 roku podczas walk o Twierdzę Kołobrzeg stanowił ważny punkt obrony miasta. Został zburzony przez ostrzał artylerii radzieckiej. Wielokrotne zniszczenia wojenne kościoła na przestrzeni wieków spowodowały, że w jego wnętrzu nie zachowało się zbyt dużo historycznych elementów dekoracyjnych oraz zabytków sztuki sakralnej.